Projekti iz područja zaštite voda obuhvaćaju sve projekte koji imaju za cilj zaštitu voda i o vodi ovisnih ekosustava sukladno zakonskoj regulativi iz vodnog gospodarstva.
Ova djelatnost obuhvaća:
izradu planova upravljanja vodnim područjima
projekte upravljanja vodnim režimom
elaborate o zaštitnim zonama crpilišta s mjerama zaštite crpilišta
elaborate o utjecaju zahvata na stanje vodnih tijela površinskih i podzemnih voda
izradu metodologije za određivanje ekološki prihvatljivog protoka
razvoj metodologije praćenja i ocjene hidromorfoloških elemenata kakvoće u površinskim vodama (tekućice i stajaćice)
projekte revitalizacije degradiranih vodenih staništa i o vodi ovisnih ekosustava
