Projekti iz područja zaštite voda obuhvaćaju sve projekte koji imaju za cilj zaštitu voda i o vodi ovisnih ekosustava sukladno zakonskoj regulativi iz vodnog gospodarstva.
Ova djelatnost obuhvaća:
- izradu planova upravljanja vodnim područjima
- projekte upravljanja vodnim režimom
- elaborate o zaštitnim zonama crpilišta s mjerama zaštite crpilišta
- elaborate o utjecaju zahvata na stanje vodnih tijela površinskih i podzemnih voda
- izradu metodologije za određivanje ekološki prihvatljivog protoka
- razvoj metodologije praćenja i ocjene hidromorfoloških elemenata kakvoće u površinskim vodama (tekućice i stajaćice)
- projekte revitalizacije degradiranih vodenih staništa i o vodi ovisnih ekosustava
